Сначала отсинхронизируем репозиторий, потом установим новую версию timezone-data.
# emerge --sync
# emerge timezone-data
Будьте внимательны, если вы давно не обновляли систему, то portage может обновиться до EAPI 5 и надо будет повозиться с новыми профилями компиляции.